После предварительной физико-химической очистки вода передаётся водоканалу для доочистки. Открытая органика в водоёмы не попадает благодаря грамотной системе водоотведения. Несмотря на обширные планы и серьёзные затраты предприятия, в первую очередь его руководители стремятся обеспечить безопасность экологической обстановки в регионе и продолжают совершенствовать очистную систему.
Очистные сооружения района строились в середине прошлого века для обеспечения городских нужд, когда на месте предприятия был небольшой убойный цех, поэтому в изменившихся условиях производства, а также ужесточения экологических требований мясокомбинат активно модернизируется. Новые очистные сооружения, помимо соответствия всем стандартам, позволят подключить дополнительные мощности производства.